Святой Галактион был родом из Москвы, где родился в 1535 году. По одной из версий он происходил из семьи боярина Ивана Бельского, а по другой — из ярославских князей Бельских.

В 1542 году власть в Москве перешла к боярам Шуйским, враждебно относившимся к Бельским. Тогда семилетнего Гавриила в тайне вывезли в Старицу и не раскрывали его происхождения, опасаясь за жизнь мальчика.

Через некоторое время он простолюдином отправился в Вологду, где стал учеником одного сапожника. Гавриил овладел сапожным ремеслом, женился и впоследствии жена родила ему дочь. Однако, в скором времени его жена умерла, и боярин решил посвятить свою жизнь служению Господу. До совершеннолетия дочери Гавриил жил в миру, ведя подвижнический образ жизни: неуклонно соблюдал посты и много молился, носил железные вериги, от которых он начал сильно болеть.

Получив от городских властей маленький участок возле реки Содемки (ныне в городской черте), Гавриил Бельский соорудил себе келью, в которой после принятия монашества с именем Галактион продолжил свой подвиг. Предположительно, впоследствии он был рукоположен во священника.

Вместе с духовным трудом святой продолжил трудиться и физически. От освоенного им сапожного ремесла он получал деньги, которые делил на три части: однe посвящал Богу, т.е. на нужды храмов, другую раздавал бедным, третью оставлял на пропитание.

Чтобы не уснуть на полу во время ночных молитв, подвижник приковывал себя к потолку кельи. Как и другие отшельники питался он крайне скудно – сухим хлебом и водой, а одеждой его была власяница и старая ряса. Через некоторое время вокруг своей келии он выкопал ров с водой и стал жить на маленьком островке.

Слава об отшельнике постепенно распространилась, так что о нем узнали во всей Вологде. Люди приходили ко святому для духовного руководства. Его наставления и утешения были обращены как к богатым, так и бедным.

Святой Галактион достиг больших духовных высот, а его молитвы стали особо благодатными. В один из годов Вологодская земля претерпевала от засухи. Правящий архиерей вместе с духовенством прибыли в расположенный недалеко от кельи подвижника Троицкий храм. По просьбе владыки отшельник нарушил свой обет и покинул келию. Придя на богослужение он молился об избавлении от бедствия, и по окончании службы пролился сильный дождь.

Помимо дара молитвы, Господь наделил святого Галактиона и даром прозорливости. Когда он получил откровение о надвигающихся на Вологду неудачах, то покинул келию. Преподобный обратился к прихожанам, говоря, что человеческие грехи привели на их земли поляков и литовцев. Поэтому необходимо построить Богородичную церковь в честь иконы «Знамение», чтобы Пречистая отвела от города гнев Божий. Однако некий горожанин, живший неподалеку от старца, сказал, что Галактион хочет построить храм для себя и после его смерти он запустеет, таким образом, это принесет лишь ненужные затраты. Тогда праведник сказал, что расположенный в том же районе Троицкий храм будет разрушен, а жилье этого человека – опустошено. Церковь так и не построили, город был захвачен неприятелем, также сбылись и пророчества святого.

В 1612 году часть польско-литовской армии ворвались в Вологду, убив множество городского населения и осквернив храмы. В конце концов враг поджог город с окрестностями.

Неприметную келью старца сперва не тронули. Но дочь святого, желая спасти отца, пришла к ней, чем обратила внимание неприятелей. Бандиты ворвались в келью и жестоко избили преподобного, от чего он умер через два дня. Тело святого Галактиона погребли неподалеку.

На могиле старца стали происходить чудеса и исцеления. При Вологодском епископе Варлааме (1627-1645) над мощами мученика построили деревянную Знаменскую церковь и основали монастырь. При его приемнике архиепископе Маркелле в обители возвели Свято-Духовский соборный храм, в честь которого она и получила название. Монастырь также стали называть Галактионовой пустынью. В 1654 году вместо деревянной церкви построили каменный теплый трапезный Знаменский храм. В том же столетии было написано житие святого, в котором отметили восемнадцать случаев исцелений его молитвами. Народ верил, что преподобный помогает избежать неурожая.

Вопрос о канонизации старца Галактиона неоднократно поднимался еще в XVII веке. В 1697 году обрели нетленный гроб святого, который тогда вскрыть не решились. В то же самое время, несмотря на отсутствие официального церковного прославления, верующие широко его почитали. В 1811 году имя мученика внесли в число Вологодских угодников. Когда в 1841 году был установлен праздник Собора Вологодских святых, имя преподобномученика Галактиона также было включено, что говорило о его местной канонизации. В 1867 году в его честь освятили нижний придел Знаменского храма. Над мощами подвижника устроили посеребренную раку, где также находились его вериги, цепь и элементы монашеской одежды.

В 1918 году Свято-Духов монастырь был закрыт советской властью. Позже храмы были закрыты и перестроены. На территории бывшей обители одно время располагалось областное управление НКВД и КГБ. Ныне уцелевшие монастырские постройки находятся в ведении МВД, а мощи святого Галактиона — под спудом.

Память мученика Галактиона Вологодского отмечается 7 октября.