Святой Иоанн родился в 1785 году в греческом городе Фессалоники в семье Иоанна и Фомаиды. Родители назвали сына в честь святого пророка Иоанна Предтечи, потому что ребенок родился накануне его дня памяти, а между собой называли мальчика Наннос.

Иоанн старший работал сапожником. Через некоторое время после рождения сыновей, семья переехала в Смирну (современный турецкий город Измир). Когда сыновья Феодор и Иоанна выросли, отец обучил их своему ремеслу.

Молодой и благочестивый Иоанн проводил свои дни в работе, а свободное время с помощью брата Феодора, который обучился грамоте, изучал Священное Писание и жития святых, особенно мучеников. Наннос, воодушевленный подвигами мучеников, захотел и сам принять венец мученичества. Единственным способом реализовать свое желание было принять ислам, а затем отречься от этой веры, что по закону наказывалось смертью.

В мае 1802 года, не рассказывая о своих намерениях, отправившись на работу, он пришел к туркам и объявил, что хочет принять мусульманскую веру. Переживая, что сын не пришел на работу, отец вместе с родственниками отправился на его поиски. Узнав, что Наннос задумал, Иоанн старший хотел узнать причину его поступка и попытался отговорить, но сын принял ислам.

Через несколько дней Иоанн вновь одел христианскую одежду, оставив на голове турецкий тюрбан, и пришел к туркам, сказав, что он христианин, и зовут его Иоанн, а не Мехмед. Мусульмане пытались его переубедить, и даже подкупить дорогой одеждой и большой суммой денег, которые бы юноша получил, если бы остался в исламе. Один турок, видя терпение Иоанна, предложил решение, по которому Иоанн останется турком и отправится вместе с турецким экипажем на корабле в Алжир. Наннос боялся, что таким образом, избавится от мученичества, которого желал, поэтому попросил два дня на размышления. К концу второго дня турки пригласили Иоанна на встречу для окончательного ответа. Юноша заранее убедился, что корабль ушел в Алжир, и сказал, что не только не жалеет об этом, но еще более желает мученичества. У турок больше не было выбора, и они решили его убить.

Святой Иоанн предстал перед судом, исповедав себя христианином. Его бросили в тюрьму. После нескольких допросов и пыток, оставшись непреклонным к угрозам и щедрым обещаниям, семнадцатилетнего юношу привели на место казней — Луковый базар (Соган-пазар), где он был повешен. Многие люди собрались, чтобы посмотреть его мученичество, не только христиане, но и турки, французы и армяне, которые были поражены мужеством мученика.

От обагренной кровью одежды мученика происходили исцеления, поэтому собралось много людей, желавших приобрести часть одежды и мощей святого. Тогда благочестивый христианин из Москвы Панайотис Панайотопулос, чтобы избежать разделения святыни, подкупил судью, что позволило ему получить тело новомученика и похоронить его.

В 1835 году на родине его отца в деревне Аврет-Гиссар, недалеко от Фассалоник, была построена церковь в честь святого Иоанна. Храм был разрушен в начале ХХ века во время греко-болгарского конфликта. Возле руин храма, сохранившихся до наших дней, построена часовня.

Память новомученика Иоанна Смирнского отмечается 11 июня.