Преподобномученик Пахомий Афонский был родом из Украины. Попав в плен к крымским татарам в конце XVII века, он стал рабом. Его привезли в город Усаки, недалеко от древнего города Филадельфия в Малой Азии (ныне турецкий город Алашехир), где продали кожевнику-мусульманину.

Хозяин обучал Пахомия своему ремеслу, и вместе с тем, рассказывал о мусульманской вере, в которую хотел его обратить. Христианин научился ремеслу кожевника, но не принимал ислам, за что его порой избивали и лишали пищи. Так, в рабстве, он провел двадцать семь лет, работая у своего хозяина. Кожевник был настолько доволен своим рабом, что даже хотел отдать за него собственную дочь и сделать своим наследником, но при условии, что он примет ислам. Святой Пахомий отказался принять мусульманскую веру. Видя его непреклонность и нежелание отрекаться от своей веры, хозяин дал свободу своему рабу.

Незадолго до этого Пахомий сильно заболел. Некоторые мусульмане распространили слух, что он уже отрекся от Христа и принял ислам, но по причине болезни не был обрезан. Его одели в зеленые одежды, традиционные для мусульман.

Выздоровев, святой Пахомий отправился в город Смирну (его руины ныне расположены на территории турецкого города Измир), где занялся торговлей. По прошествии некоторого времени, он оставил мусульманскую одежду и отправился на святую гору Афон. В монастыре святого Павла он встретил старца Иосифа и открыл ему свое тайное желание стать монахом. Двенадцать лет под его духовным руководством провел святой в этом монастыре, совершенствуясь в монашеской жизни.

Однажды Пахомий услышал о великом афонском подвижнике Акакии Кавсокаливите. Став учеником старца, он шесть лет провел в непрестанном молитвенно делании.

Постепенно в его сердце стало появляться желание мученичества за Христа, поскольку он полагал, что во время болезни мог быть не в здравом рассудке и отречься от Господа. Преподобный Акакий отговаривал своего ученика от этого желания, поскольку считал, что оно могло возникнуть из-за гордыни. Не желая отпускать Пахомия, подвижник решил проверить его решимость. В течении года он возлагал на ученика различные послушания. При этом они оба молились, чтобы Господь открыл Свою волю. В беседах с самыми духоносными афонскими старцами Пахомий получил благословение оставить Афон. Сняв монашеские одежды, чтобы не навлечь на афонские обители наказания от османских властей, святой переодел монашескую одежду на одежду мирянина.

В сопровождении старца Иосифа он прибыл в Усаки, где, как предполагал, мог отречься от Христа. Оставив спутника в гостинице, Пахомий пошел к дому своего бывшего хозяина через рынок, надеясь быть узнанным. Вскоре святого схватили и привели к кади (судье). Ему предъявили обвинение в преступлении, которое наказывалось смертью, — принятии ислама, а затем возвращении к христианству, что доказывала его одежда христианина. Кади сказал, что Пахомию нельзя носить христианскую одежду, потому что он отрекся от Христа, и призвал вновь стать мусульманином или будет преданным смерти. Святой решительно ответил, что никогда больше не отречется от своего Господа, и готов претерпеть за Него любые пытки и умереть.

Христианина бросили в тюрьму, где его оставили без пищи и сна. Три дня он находился в тяжелых условиях, укрепляемый лишь верой. Когда вынесли смертельный приговор, Пахомий лишь обрадовался, и попросил судью поскорее привести его в исполнение. Когда его связанным вели к месту казни, толпа оплевывала и проклинала святого, призывая вернуться в ислам. Даже палач умолял Пахомия принять мусульманскую веру. Стоя уже на коленях в ожидании казни, святой ответил палачу, чтобы он не медлил с исполнением смертельного приговора. Мученика Пахомия обезглавили в 1730 году.

Через три дня христианам разрешили похоронить тело святого. Палач же, став одержим демонами, умер через несколько дней.

Старец Иосиф отправился к могиле мученика и разговаривал с ним, будто живым, прося молитв за себя и всех, кто будет призывать его имя. Вместе с тем, афонского иеромонаха беспокоила мысль о том, как ему благополучно покинуть это место и вернуться на Святую Гору. Во сне ему явился святой Пахомий сказал, чтобы он не переживал, потому что ему никто не причинит вреда.

Одна местная христианка страдала от сильных головных болей и стала молиться мученику Пахомию. Она приложила немного его крови к голове и получила исцеление. после этого женщина написала письмо на Афон с просьбой написать ей икону святого. Поскольку монахи помнили его при жизни, то смогли написать его образ. Женщина получила образ мученика и стала ежегодно чтить его память.

Позже мощи перевезли в монастырь апостола Иоанна Богослова на остров Патмос. В 1953 году часть мощей была передана в афонскую обитель святого Павла, где мученик подвизался в свое время.

Память преподобномученика Пахомия Афонского (Русского) отмечается 20 мая и во 2-ю Неделю по Пятидесятнице (Собор всех преподобных Афонских).