Преподобный Арсений Комельский происходил из московской семьи дворян Сахарусовых.

В молодом возрасте принял монашеский постриг в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре. Его послушанием было переписывание книг. У слову, сохранилось Евангелие, переписанное его рукой в 1506 году. В 1525-1527 годах святой Арсений был игуменом обители.

Преподобный часто уединялся в отдаленном приписном к Лавре Свято-Троицком Махришском монастыре. После видения огненного столпа над гробом основателя обители преподобного Стефана Махрищского, святой Арсений благословил устроить гробницу над могилой и благословил совершать ежегодное празднование дня его памяти.

Преподобный старался во всем подражать жизни основателя Лавры – святого Сергия Радонежского. Поэтому подвижник всегда носил ветхую одежду. Когда однажды монастырь посетил Великий князь Василий III, то увидел, что игумен процветающей обители ходит в старой заплатанной одежде. Монахи рассказали князю, что отец-игумен желает уединиться для молитвы в пустынном месте. Вместе с братией упрашивала князя не отпускать игумена. Святой еще некоторое время исполнял обязанности настоятеля, но все же ушел в поисках уединенного места.

Преподобный Арсений долгое время странствовал, ища подходящее место для подвижнической жизни. Остановился он в верховьях реки Бабайки, что в сорока километрах от Вологды, где недавно случилось явление чудотворного образа Богоматери. Подвижник поставил рядом келию и жил там в молитве. Однако его уединение нарушали многие богомольцы, которые приходили к иконе, и преподобный покинул то место, где впоследствии возникла Арсениева пустынь.

Однако святой Арсений стремился к тишине и хотел подвизаться в более спокойном месте, поэтому отправился в малопроходимые Комельские леса. Там он сделал деревянный крест, который понес через лес в поисках места под будущий монастырь. Проходя по заболоченной местности подвижник споткнулся и упал под давлением креста. Его осиял луч света и святой решил остаться на этом месте, во впадении реки Кохтыш в реку Лежу, где он воздвиг крест, соорудил себе келию и основал монастырь. В 1530 году князь передал участок земли в имение монастыря, так что крестьянам впереть запрещалось здесь рубить лес и охотиться. Жители, недовольные утратой угодий, разрушили келью святого и убили его помощника.

Святой был вынужден уйти в Шилегонский лес, где вскоре возле него собрались монахи, а в последствии туда пришли бежавшие от набегов татар крестьяне.

Вскоре его спокойствие было нарушено, и он вернулся в Комельский лес. Первым делом преподобный Арсений вместе с учеником Герасимом расчистили участок леса, а когда вокруг него собралось несколько монахов, он возвел церковь в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы, которая была освящена в 1541 году.

Молитва святого укрощала и приручала диких зверей, в частности, он укротил свирепого медведя, напавшего на монастырский скот.

Не забывал старец и раннее основанной им Шелегодской пустыни. Вместе с братией он также наставлял живших по соседству крестьян. Преподобный Арсений учил благоговейно относиться к воскресеньям и большим праздникам. Однажды, когда люди решили в праздник убирать поле, вдруг поднялся ветер и разбросал собранные ими снопы.

Святой Арсений Комельский упокоился в 1550 году. Его похоронили возле алтаря монастырской церкви.

Житие подвижника было составлено учениками вскоре после смерти, однако, рукопись сгорела при пожаре в конце XVI века. Позже текст восстановили в сокращенном виде и дополнили посмертными чудесными свидетельствами.

Через сто лет после упокоения преподобного был построен каменный Ризоположенческий храм с двумя приделами – в честь преподобных Сергия и Арсения. Мощи святого находились под спудом в освященном в честь него приделе. В XIX веке над ними устроили медную раку.

В «Сказании» о житии и чудесах святого (1-я половина XVII века) говорится о семнадцати чудесах, произошедших по молитвам у его мощей; в основном это исцеления от разных болезней.

Память преподобного Арсения Комельского и Вологодского отмечается 6 сентября и соборах Вологодских и Радонежских святых.