Преподобный Филофей родился в 1526 году в греческом городе Елатея. Из-за опасности со стороны турок, семья переехала в македонский город Кризуполис.

В скором времени умер отец Феофила — так звали святого в миру, а овдовевшая мать осталась с двумя сыновьями на чужбине, претерпевая от местных жителей. Ситуация усугублялась и тем, что турки забирали у христиан детей и насильно обращали их в мусульманскую веру. Так Феофил с братом оказались в темнице. В надежде на спасение детей мать постоянно молилась за них Божией Матери. По ее молитвам произошло чудо – Сама Пречистая пришла под видом их матери и освободила братьев из заключения. Богоматерь привела их в Свой монастырь в малоазийском городе Неаполе и повелела быть послушным монахам и игумену. Когда дети рассказали все настоятелю, он вручил мальчиков для воспитания одному из опытных духовников. Так Феофил с братом постигли правила монашеской жизни и изучили Священное Писание. По прошествии времени братья приняли постриг, в частности, Феофил получил в монашестве имя Филофей. После прохождения всех порученных послушаний братья были назначены экклесиархами (церковными начальниками – ключарями или старшими пономарями).

Матери святого не была известна судьба ее чад. Промыслом Божиим она приняла монашество с именем Евдокия в женской обители в том же городе Неаполе, причем постриг совершил старец, постригавший и ее сыновей. Однажды, посетив на праздник мужской монастырь, она узнала в двух иноках своих детей. Братья рассказали о своем чудесном освобождении из тюрьмы, и они с матерью возблагодарили Бога за Его милости к их семье.

Через некоторое время диавол начал искушать святого Филофея через одну девушку, бывшую насельницей женской обители. Она часто приходила к старцу и, однажды, увидев Филофея, искусилась его красотой и стала соблазнять на блуд. Преподобный справился с диавольким наветом и все рассказал игумену, после чего девушку вывели из монастыря. Братия стала сравнивать Филофея с праведным Иосифом, поэтому, он, желая избежать человеческой похвалы, взял благословение и отправился на Афон.

В 1551 году 25-летний монах присоединился к братии афонского монастыря Дионисиат. Его подвижническая жизнь была примером для многих. По прошествии несколько лет, желая большего молитвенного уединения, Филофей поселяется в пещере за пределами обители. Однажды Господь сохранил его от диавола, который под видом попавшего в кораблекрушение человека хотел скинуть его в ущелье. Другой раз он со своими учениками спасся от нападения турок, приплывших на кораблях к Святой горе.

Имея дар прозорливости, преподобный Филофей за Литургией в монастыре Ватопед однажды увидел ворона, кружившего над священником. Святой понял, что тот монах недостоин совершать Евхаристию и в беседе с ним уговорил оставить богослужение.

Монах Филофей мирно упокоился в 1610 году в возрасте 84 лет. По завещанию старца его ученики отнесли тело в лес на съедение животных. Но Господь прославил мощи угодника чудесным светом, который увидел один старец-рыбак, ночевавший на море. Он подумал, что это костер, и когда пришел его потушить, то обнаружил честную главу подвижника, которую отнес в келию. Ближайшей ночью старцу явился святой Филофей и повелел отдать мощи его ученикам. Он так и поступил, и рассказал о произошедшем чудесном знамении.

Глава ныне хранится в ковчеге в монастыре Петра и имеет большое почитание среди верующих. В 1972 году часть мощей были переданы из монастыря Корони в афонскую обитель Дионисиат.

День памяти прп. Филофея Афонского отмечается 3 ноября.