Святой Иоанн Психаит происходил из маленькой деревушки на севере Малой Азии. Его отец по имени Лев служил священником, при этом занимался постройкой храмов. Помимо Иоанна у родителей были еще дети. Отец воспитывал чад в любви к Богу и обучал их Священному Писанию. Позже семья переселилась в одну из деревень возле Никомедии.

Когда дети выросли и пришло время каждого из них создавать семью, они выбрали дальнейший путь в монашестве, законам которого их обучил некий Антоний из Лавры преподобного Антония Великого. Через какое-то время глава семейства отправил женщин в монастырь, а сам с тремя сыновьями прибыл в Константинополь и пришел в Богородичную обитель Пиги. Все они приняли монашество, однако, вскоре отец и младший брат Иоанна умерли. Святитель Константинопольский Тарасий рукоположил молодого монаха во диакона. Среди братии его особенно отличало смирение и красноречие. Позже святой Иоанн был назначен экономом обители и рукоположен в сан священника.

Некий патриций по имени Михаил оставил светскую жизнь, принял монашество и все свое имение отдал на строительство монастыря Пресвятой Богородицы «тон Психа», который по немногочисленным свидетельствам находился вне города на босфорском берегу. По просьбе бывшего сановника игуменом нового монастыря был поставлен брат Иоанна Феодор, а сам святой был также назначен экономом. После того, как Феодора выбрали епископом, святой Иоанн Психаит принял послушание игумена монастыря. Первым делом он принялся за восстановление монастырских строений, разрушенных в 813 году при нашествии булгарского хана Крума.

Когда при императоре иконоборце Льве V Армянине (813-820) начались гонения на православных, Иоанн перестал общаться с патриархом Феодотом-иконоборцем и призывал братию оставаться в истинной вере. Когда на игумена донесли, то его арестовали и привели на суд. Уговоры и истязания не сломили его стойкости. После этого святого сослали, а спустя время вновь привели на суд, который на этот раз возглавил сам император. Отказавшись принимать сторону иконоборцев, правитель приказал вновь отправить преподобного в ссылку, но уже содержать в более строгих условиях, лишив пищи и пития.

После смерти Льва Армянина святой Иоанн вместе с несколькими монахами обосновался в Херсонесе (Крым). Жизнь преподобного Иоанна была полна аскезы и добрых деяний во славу Божию. Со временем этот инок Психаитской обители получил от Бога дар исцелять больных, немощных и одержимых. К преподобному стали приходить люди из окрестных селений. Но он захотел возвратиться в столицу, чтобы большой суеты и человеческого внимания.

Возвратившись после долгих лет в свою обитель, Иоанн тяжело занедужил и предсказал ученику время своей кончины, которая наступила около 820-829 гг.

Память преподобного Иоанна Психаита отмечается 8 июня.