Преподобный Никодим, в миру Никифор, подвизался на горе Авксентия близ Константинополя, которая в то время была известным монашеским центром. Из-за постоянной угрозы со стороны турок святой отправился на Афон и поселился в пещере возле Ватопедского монастыря.

Там подвижника отыскал преподобный Григорий Палама и, став его учеником, принял от святого монашеский постриг. Находясь рядом с преподобным Никодимом, которого называют «исихастом и великим старцем» («исихаст» дословно переводиться как «молчальник», «безмолвник», «пребывающий в покое»), святой Григорий имел полное послушание и покорность перед своим наставником, постоянного совершенствовался в посте и, непрестанной молитве.

Преподобный Никодим мирно упокоился на третий год пребывания с ним святого Григория, по разным версиям это произошло в 1316 или 1319 году.

Память преподобного Никодима Ватопедского отмечается 24 июля (11 июля по новоюлианскому календарю).