Преподобный Стефан Махрищский был родом из Киева, где родился в начале XIV столетия. О детских годах и ранней его жизни ничего не известно, кроме того, что родители отдали сына-отрока на обучение, в котором он преуспел.

Святой принял монашество в Киево-Печерском монастыре, где провел много лет в послушаниях и молитвах. В церковь он приходил первым, а уходил последним, на службе стоял неподвижно, внимательно вслушиваясь в чтение и пение.

Нападки латинян на православных христиан заставили Стефана отправиться в Москву, где он любезно был принят великим князем Иоанном II (1353-1359). Правитель позволил святому поселиться в деревне Махра (ныне во Владимирской области, в 120 км от Москвы).

Преподобный Стефан построил келью и стал вести жизнь в аскетических подвигах и безмолвии, не принимая никого из желающих присоединиться к нему. Но через некоторое время он откликнулся просьбы людей, и в 1358 году основал монастырь.

Рядом с монастырем жили братья Юрковы. Опасаясь, что земельные угодья, находящиеся в их владении, могут передать обители, они стали угрожать подвижнику смертью. Тогда святой Стефан переехал в более отдаленное место – примерно в 60 км к северу от Вологды, где основал новую обитель во имя Пресвятой Троицы, известную как Авнежская пустынь. Московский князь Димитрий Донской отправил книги и другие богослужебные предметы в обитель, но преподобный Стефан отправил их Махрищскую обитель. Возвратившись в первую обитель, игумен упорядочил в ней жизнь в соответствии с правилами общежительства.

Примерно в 35 километрах находилась обитель преподобного Сергия Радонежского и со временем между святыми сложились дружественные отношения: они ходили друг ко другу в гости, молились вместе и поддерживали в трудных обстоятельствах. Когда прп. Сергий оставил свой монастырь в поисках нового места для молитвенных подвигов, святой Стефан принял его и дал ему в помощники ученика Симона, хорошо знавшего здешнюю местность. Святой Сергий основал новую обитель на острове Киржач.

Преподобный Стефан отличался строгостью к своей жизни, но был добрым к другим. Он трудился на самых тяжелых монастырских работах, всегда носил старую и грубую одежду. Тихими беседами с монахами святой каждого из братии вел ко спасению.

Монах дожил до преклонных лет и приял великую схиму. Упокоился он в 1406 году. Погребли подвижника у стены поставленного им храма.

В 1550 году во время строительства новой каменной Троицкой церкви его честные мощи обрели нетленными. Господь прославил их благодатью исцеления от разных болезней и несчастий для всех, кто призывал имя святого: бесноватых, расслабленных, немых и др. В 1557-1558 годах над мощами соорудили каменную церковь его имени, ставшую приделом соборного храма. Единственный сегодня храм во имя святого возведен в середине 1990-х годов в Троицкой Стефано-Махрищской обители, точнее это было восстановление разрушенной в 1942 году церкви над мощами преподобного, которые сегодня покоятся под спудом.

День памяти преподобного Стефана Махрищского отмечается 27 июля.