О жизни святителя Флавиана до патриаршества мало что известно. Он служил священников в соборе Святой Софии в Константинополе был известен своими добродетелями и духовными дарами.

После кончины Святейшего Патриарха Прокла в 447 году святой Флавиан был избран его преемником на Константинопольскую кафедру. На время его первосвятительства пришлись различные беспорядки и ереси, угрожавшие единству Церкви.

В 448 году Патриархом был созван собор для изучения ереси архимандрита Евтихия, который учил, что во Христе была только одна природа – божественная. Упорствуя в своем лжеучении, Евтихия лишили священнического сана и отлучили от церковного общения. Однако, ересиарх имел влиятельного покровителя при императорском дворе – евнуха Хрисафия. Его интригами сторону еретика принял Александрийский Патриарх Диоскор, получивший от императора разрешение на проведение собора в городе Эфес, названного позже «Разбойничьим собором». На нем Евтихия оправдали, а святителя Флавиана осудили.

Тогда же Патриарха жестоко избили дерзкие монахи во главе с вторгшемся на заседание архимандритом Варсумом, причем в этом безобразии участвовал и председательствующий Диоскор. Святой Флавиан был приговорен к изгнанию в Эфес и закован в тяжелые оковы, но спустя три дня исповедник упокоился. Это произошло в 449 году

В 451 году на IV Вселенском соборе ересь Евтихия была осуждена. Благодаря праведной царице Пульхерии, мощи святителя перенесли в Константинополь и положили в храме святых Апостолов.

Память святителя Флавиана Константинопольского отмечается 3 марта.