В 1890-е года православные христиане из стран Ближнего Востока, говорящие на арабском языке и живущие в Нью-Йорке, сформировали  Благотворительную сирийскую православную ассоциацию. На то время Церковь на континенте управлялась духовенством  Русской  Православной Церкви. Члены ассоциации попросили священноначалие  выбрать для них наставника, который мог говорить на их языке и служить согласно  их традициями.

Выбор для этого служения пал на архимандрита Рафаила (Хававвани), который учился тогда в России. Он был вызван в Нью-Йорк и после консультации со Святыми  Синодами Антиохийской и Русской Церквей, прибыл на Американскую землю в ноябре 1895 года.

Помещение на 77 Washington Street в Манхэттене было преобразовано в первую  церковь для арабоязычных православных верующих и отец Рафаил стал служить для их потребностей.

Приход перерос свою маленькую церковь в Манхэттене и в 1902 году приобретено здание на 301-303 Pacific Street в Бруклине, где была создана большая арабоязычная община. Храм был освящен епископом  Тихоном  (позже Патриарх Московский и всея Руси), и назван в честь святого Николая, архиепископа Мирликийского Чудотворца. В марте 1904 года, Предстоятелю Русской Церкви в Северной Америке Тихону был назначен  викарный епископ. Им стал архимандрит Рафаил – духовный глава Сирийской миссии Русской  Православной Церкви в Северной Америке.  Владыке Рафаилу был присвоен титул «епископ Бруклинский». Самой же Николаевской церкви был присвоен статус собора.

Епископ Рафаил служил с большим достоинством и в последующие годы прибавил тридцать приходов к своей миссии.  Он основал издание под названием «Al-Kalimat» (Слово), с помощью которого знакомил читателей с истинами Православия.

Епископ Рафаил отошел ко Господу в 1915 году.

Здание собора полностью было приобретено у епископальной церкви в 1920 году и стараниями прихожан обрела вид православного храма.

29 мая 2000 года в Тихоновском монастыре в Южном Ханаане, штат Пенсильвания, который епископ Рафаил помог освятить много лет назад, он был прославлен как святой Православной Церкви в Америке. Многие прихожане Бруклинского Николаевского собора, первой общины созданной  святым Рафаилом, совершили паломничество в Тихоновский монастырь на это праздничное и памятное событие.

В том же году,  3 ноября, в Свято-Николаевском соборе  был представлен большой ковчег с чесными мощами и иконописный образ святителя Рафаила.  Эти святыни  постоянно находится в соборе.

2 мая 2015 года, в рамках празднования 100-летия преставления св. Рафаила,  Иоанно-Предтеченскому собору Бруклина из Николаевского собора была передана часть мощей святителя Рафаила.