Основатель Великой Афонской Лавры преподобный Афанасий происходил из малоазийского города Трапезунд (ныне город Трабзон в Турции), где он родился  в знатной семье около 925-930 годов. В святом крещении будущий подвижник был назван Авраамом (Авраамием).

Святой осиротел в раннем возрасте и воспитывался некой благочестивой монахиней. С ранних лет он брал пример со своей приемной матери и подражал ее монашеской жизни, главным образом, в посте и молитве. Аврааму легко давались школьные предметы и в учебе он опережал своих сверстников.

Когда упокоилась его приемная мать, юноша прибыл в Константинополь, и при императорском дворе был зачислен учеником к известному ритору Афанасию. Овладев мастерством своего учителя, Авраамий и сам стал учить молодежь. Не представляя истинной духовной жизни без поста и молитвы, он жил строгой аскетической жизнью — мало спал, причем отдыхал лишь сидя на стуле, вкушал лишь хлеб с водой. Наставник его Афанасий по своей человеческой природе позавидовал молодому подвижнику, из-за чего Аврааму пришлось оставить свою должность учителя.

В это же время в столице находился игумен Киминского монастыря в Вифинии святой Михаил Малеин (+961). Авраамий поведал преподобному о своей жизни и рассказал о своем тайном желании стать монахом. Старец узрел в юноше избранный сосуд Святого Духа и многому научил его в вопросах веры. Однажды во время бесед их посетил племянник Михаила офицер Никифор Фока, впоследствии ставший византийским императором. Высокая духовность и глубокий ум Авраама сильно впечатлили Никифора, так что он всю жизнь с особой благоговейностью чтил святого.

Сильно желая монашеской жизни, Авраамий оставил все и отправился в Киминскую обитель. Припав к ногам святого игумена, он попросил, чтобы его приняли в монахи. Первые четыре года в монастыре он занимался переписыванием рукописей. Длинные посты и молитвенные коленопреклонные бдения вознесли монаха на высокую степень духовного совершенства, так что игумен благословил ему подвиг безмолвия в уединенном месте рядом с монастырем.

Святой Михаил хотел оставить Афанасия игуменом после себя, но, считая себя недостойным, преподобный обитель и обошел многие пустынные места, пока, водимый Богом, он не пришел на Афонский полуостров, где поселился на крайней стороне в месте, называемом Мелана, вдали от других монашеских поселений. Святой поставил себе келию и начал вести аскетическую жизнь, молитвой совершенствуя себя для более высоких духовных достижений. Враг рода человечества попытался вызвать у святого Афанасия ненависть к выбранному им месту и нападал на него с постоянными мыслями. Подвижник решил остаться здесь на год, и тогда, куда бы Господь ни направил его, он пошел бы. В последний день этого года, когда преподобный приступил к молитве, его осенил небесный свет, наполнив неописуемой радостью. На глазах святого появились слезы и с того момента он так же сильно полюбил место своего подвига, которое до того не принимал.

В 961 году, по просьбе Никифора Фоки, преподобный Афанасий Афонский прибыл на остров Крит и оказал молитвенную поддержку в освобождении острова от арабских пиратов. В течение этого времени Никифор Фока, имея достаточно военных подвигов, вспомнил свое давнее желание стать монахом, и на свои средства упрашивал святого Афанасия построить монастырь – кельи для него и его сподвижников, а также церковь, где монахи молились бы Богу. Желая избежать суетных забот, преподобный сначала отказывался принимать золото от Никифора, но, увидев его искреннее и горячее намерение и приняв это за волю Божью, принялся строить монастырь. Сперва он возвел большой храм в честь пророка Иоанна Крестителя и еще Богородичную церковь у подножия холма. Вокруг храма построили келии и, таким образом, на Святой Горе возник монастырь. В нем также были трапезная, больница, странноприимная и другие необходимые постройки. В 963 году Никофора провозгласили императорам, и тогда стало понятно, что он уже не сможет исполнить свой обет стать монахом.

В Афанасьев монастырь отовсюду стал стекаться народ, причем даже из Грузии, Армении, Италии: простые люди и известные сановники, долгие годы подвизавшиеся пустынники, игумены и епископы. Все они хотели стать простыми монахами в Лавре преподобного Афанасия. Игумен установил в монастыре правило общежительного монашества по образцу древних палестинских монастырей. Богослужения совершались со всей строгостью – никто не смел разговаривать, опаздывать или покидать храм без необходимости.

Благословила труды святого Афанасия и Сама Пречистая – подвижник неоднократно сподобился Ее явлений. Однажды в обители возник голод, так что монахи один за другим покинули монастырь, оставив игумена совсем одного. Его также на время одолело неверие, и он даже подумывал уйти. Преподобный решил отправиться за помощью для монастыря, и по пути ему повстречалась незнакомая женщина с покрытой головой. Это оказалась Пресвятая Богородица, Которая благословила игумена Афанасия и оказала помощь обители (подробнее об этом можно прочитать в истории иконы «Экономисса»). После этого жизнь в Лавре святого Афанасия наладилась, монахи понемногу возвратились, продолжилось строительство.

Император Никифор передал в монастырь многие святыни: часть древа Креста Господня, главу святителя Василия Великого и других угодников. Его постановлением Лавра навсегда объявлялась независимым монастырем, не подчиняясь ни светским, ни церковным лицам. Помощь императора позволила Лавре возвыситься над остальными афонскими обителями и стать крупнейшим на Святой Горе.

В конце жизни преподобный Афанасий составил «Завещание», в котором указал порядок поставления игумена, отметил богослужебные указания, таким образом, этот труд дополнил лаврский устав.

Известно, что во время жизни святой исцелял тяжелобольных и предсказывал грядущие события, в т. ч. он предвидел свою трагическую смерть, но говорил братии не беспокоиться об этом, а положиться на волю Божию.

Дав последние наставления братии, игумен облачился в своей келии в мантию и куколь, и вместе с шестью монахами поднялся на верх строящегося храма, который сам спроектировал, чтобы осмотреть работы над куполом. Внезапно верх церкви обрушился и пятеро монахов тотчас погибли. Афанасий с архитектором Даниилом выжили, но оказались приваленными камнями. Братия слышала, как еще несколько часов из-под завалов доносилась молитва преподобного. Когда камни разобрали, то нашли всех умершими. Произошло это около 1000 года.

Мощи святого Афанасия находятся под спудом в приделе Севастийских мучеников лаврского кафоликона (соборного храма). Рядом находится его металлический жезл. Кроме того, сохранился трехкилограммовый крест подвижника, который он не снимал даже во время сна.

На Руси его память распространилась в конце XIV века с введением Иерусалимского устава. В честь святого Афанасия ныне действует несколько церквей в России и Греции, среди них, храм Кылтовского Крестовоздвиженского монастыря (республика Коми), храм в селе Афанасьевское (Ярославская область), храм в Афинах.

Память преподобного Афанасия Афонского отмечается 18 июля, а также в день собора Афонских святых.