О ранней жизни святого Феофила достоверных сведений не сохранилось. Он пришел в Отенский монастырь в нынешней Новгородской области, где принял монашеский постриг, а позже был избран игуменом. За время его игуменства маленькая обитель была расширена и переустроена.

После смерти архиепископа Новгородского Ионы, в 1470 году архимандрита Феофила избирают и возводят на Новгородскую архиерейскую кафедру (хиротония была совершена в 1471 году в Москве). Отметим, что это был последний случай, когда Новгородского архиепископа избирали народным вече.

Нужно сказать, что правовой уклад  Новгорода еще с домонгольских времен отличался от других русских городов. Верховная власть у новгородцев принадлежала не князю, а вече, т.е. собранию горожан. Вечем избирались чиновники и, как отмечено выше, сам архиепископ. Князя же жители города приглашали на время в качестве судьи или предводителя войска и имел ограниченные права. Хотя Новгород и считался частью Руси, но новгородцы всегда готовы были защищать свой уклад.

Святительство Феофила оказалось для него большим испытанием. В это время представители рода Борецких пытались отдать Новгород под власть Литовского княжества. Посадница Марфа Борецкая со своими сторонниками наставляла новгородцев против Московского князя и сеяла неприязнь к архиепископу. Некоторые из мятежников хотели не просто передать город, но и обратить новгородцев в католическую веру. Святитель Феофил увещевал остановиться и не изменять Православию, но народ не слушался слов пастыря: между Новгородом и Москвой разгорелась междоусобная война.

Неоднократно войско новгородцев потерпело поражение от войска Московского князя Иоанна III. В 1479 году, когда войска осадили город, святитель пытался уговорить князя снять осаду. Но Иоанн в этот раз прибыл, чтобы полностью ликвидировать независимость Новгорода. Вскоре после взятия города святого Феофила сместили с кафедры, арестовали и отправили в заточение в московский Чудов монастырь.

После трех лет заключения святой Феофил написал отречённую грамоту, что он впредь не будет именоваться архиепископом и до конца жизнь будет пребывать в смирении.

В 1484 году святитель отправился в паломничество в Киев на поклонение мощам Печерских святых. По дороге он умер и был погребен в Дальних лаврских пещерах. Святость новгородского архипастыря подтвердили посмертные чудеса от его мощей. Ныне мощи святого Феофила почивают недалеко от дальнопещерной церкви Благовещения рядом с мощами Арсения Трудолюбивого. Антропологические исследования мощей указывают, что святой  упокоился в возрасте 60-70 лет, а его рост составлял 172-176 см.

Память святителя Феофила Новгородского 8 ноября, а также в Соборе новгородских святых.